Parmi les nombreuses collections de zoologie conservées au muséum de Toulouse, la collection de malacologie, qui renferme principalement des coquilles de mollusques, constitue la collection la plus importante en nombre de spécimens et en taxons avec celle d’entomologie. Ceci n’a rien d’étonnant puisque les mollusques constituent le deuxième groupe naturel le plus diversifié du règne animal avec quatre vingt mille espèces décrites, après les insectes qui en comptent près d’un million.

Historiquement, la collection de malacologie, aujourd’hui estimée à plus de dix mille espèces, et près de cent mille spécimens, s’est constituée très tôt, bien avant l’ouverture du muséum de Toulouse en 1865. Ainsi, c’est le pyrénéiste et naturaliste Jean-Baptiste Noulet qui aborda l’étude des mollusques terrestres et d’eau douce de la région dès 1830.

Il fut rejoint par d’autres malacologues toulousains tels que Casimir Roumeguère, Alfred de Saint-Simon, Maurice Lespiault, Paul de Reyniès, Charles Lespès, Léon Partiot et Paul Fagot, tous élèves d’Alfred Moquin-Tandon.

La collection Roumeguère, récupérée par Henri Capelle, sera déposée au Muséum en 1871. Inventoriée par lot en 2016, elle renferme plusieurs spécimens remarquables issus du cabinet Mathieu. En 1858, Roumeguère décrit sa collection dans sa “Notice sur la collection conchyliologique de M. Casimir Roumeguère” (Annuaire de l’Académie impériale des sciences, inscriptions et belles-lettres de Toulouse – Gallica, BNF). Elle comprendrait des strombes collectés par Napoléon Ier sur l’île de Sainte-Hélène lors de sa captivité, cependant ces spécimens n’ont pu être identifiés dans le fonds du muséum.
Pour ce qui concerne les espèces marines exotiques, la collection la plus ancienne est celle du commandant Gaston de Roquemaurel (1804-1878), second de l’amiral Jules Dumont d’Urville, navigateur qui fit le tour du monde en passant par l’hémisphère Sud. Cette collection ramenée en 1854 fera partie du fonds malacologique ancien du muséum dès son ouverture.
D’autres collections de malacologie ont été acquises par la suite, comme celle de Gérard Azaïs en 1919, renfermant plus de dix mille lots de spécimens essentiellement marins. Cette collection d’envergure qui compose l’essentiel de la vitrine dédiée aux mollusques dans l’exposition permanente a vu son inventaire achevé en 2018 après avoir débuté en 2001.
Enfin la collection Jean Labouesse, acquise et inventoriée en 2013, renferme près de trois mille spécimens remarquables en parfait état de conservation qui ont été collectés dans la seconde moitié du XX^e siècle.

Mis à part les spécimens types de mollusques fossiles de la collection Noulet, aucun type de mollusques actuels ne figurait dans les collections du muséum jusqu’à ce que l’Abbé Dominique Dupuy, bien connu de l’école toulousaine de malacologie, fasse don d’une partie de sa collection de mollusques terrestres et dulçaquicoles le 16 Juillet 1879. Cette première donation sera suivie d’une deuxième le 23 Juillet 1880, puis d’une troisième le 23 Janvier 1881. Au total cette acquisition représente quatre cent cinquante quatre lots de coquilles correspondant à deux cent quarante neuf taxons (espèces et sous-espèces), soit mille sept cent quarante spécimens.

Inventoriée en 2009, cette collection réunis les principaux taxons de France et de la région (sachant que près de huit cent taxons ont été décrits pour la France et trois cent pour la région Midi-Pyrénées). Les Pyrénées représentent d’ailleurs une zone géographique à fort endémisme avec une cinquantaine de taxons que l’on ne retrouve nulle part ailleurs dans le monde.
Parmi ces spécimens, certains ont servi de référence à l’Abbé Dupuy pour la description de nouvelles espèces ou sous-espèces au milieu du XIX^e siècle. En l’occurence, il s’agit de six types (syntypes) qui ont une valeur scientifique inestimable : Il s’agit de la Nérite des Pyrénées (Neritidae), Theodoxus fluviatilis thermalis (Dupuy, 1851) ; la Bythinelle des Pyrénées (Bythinellidae), Bythinella reyniesii (Dupuy, 1851) ; la Clausilie méridionale (Clausiliidae), Clausilia rugosa reboudi Dupuy, 1851 ; la Clausilie des sapins, Clausilia bidentata abietina Dupuy 1849 ; le Vertigo de Des Moulins (Vertiginidae), Vertigo moulinsiana (Dupuy, 1849), ou encore le Cochlostome de Noulet ou des Pyrénées (Megalomastomatidae), Obscurella nouleti (Dupuy, 1851).
Cette dernière espèce de gastéropode terrestre à la coquille conique caractéristique appartient à une des familles d’escargots les plus anciennes d’Europe. Endémique aux Pyrénées centrales, on la retrouve essentiellement sur les rochers, où sa petite taille (1cm) lui permet de se loger dans les anfractuosités pour se nourrir de déchets de végétaux. Dupuy qui décrira le premier cette espèce lui attribuera son nom spécifique en hommage à Jean-Baptiste Noulet, instigateur et deuxième directeur du muséum de Toulouse. De par la présence de ces types, cette collection de malacologie constitue une des collections qui a la plus grande valeur scientifique du MHNT.

Mais du fait de l’importance de sa collection, on est en droit de se demander qui était exactement cet Abbé Dupuy ? C’était un homme très respecté de son temps, qui a fait avancer la science malacologique comme nul autre dans la région. Le seul portrait connu à ce jour avec sa biographie est issu des Bulletins de la Société malacologique de France. Né en 1812 à Lectoure dans le Gers, ce botaniste et malacologue, professeur d’Histoire naturelle au petit séminaire d’Auch était membre honoraire de la Société d’Histoire naturelle de Toulouse. L’Abbé Dupuy publia deux ouvrages majeurs sur la malacologie française et mondiale : Essai sur les Mollusques terrestres et fluviatiles et leurs coquilles vivantes et fossiles du département du Gers en 1843 et Histoire naturelle des mollusques terrestres et d’eau douce qui vivent en France en 1847. À partir de 1853, il dirigea la Revue agricole et horticole du Gers du fait de ses compétences reconnues en botanique.
En 1878, puis en 1879, il publia deux articles de malacologie dans le Bulletin de la société d’histoire naturelle de Toulouse. Sa collection de mollusques terrestres et fluviatiles de la région fut constituée autour des années 1850 et donnée au muséum seulement à partir de 1879. D’autres spécimens furent déposés au muséum de Metz en 1885, ainsi que dans d’autres musées dans le monde entier.

Cédric Audibert, malacologue au musée des Confluences à Lyon, a ainsi pu retrouver une liste des lots récoltés par Dupuy apparaissant dans la collection Sayn conservée à Lyon. Ce qui amène à penser que la collection Dupuy devait être très importante puisqu’il pouvait se permettre d’échanger un grand nombre d’espèces avec parfois de longues séries de spécimens. Il serait donc intéressant de savoir si la collection inventoriée en 2009 au muséum de Toulouse et attestée de Dupuy constitue le «gros» de sa collection car l’inventaire rétrospectif de cette collection n’a pas permis de retrouver l’ensemble des types décrits par Dupuy, ce qui signifierait que des spécimens ont été perdus ou donnés à d’autres muséums.

L’abbé Dupuy décèdera en 1885. Son oeuvre sera retracée par De Saint-Simon dans les Bulletins de la Société d’Histoire Naturelle de Toulouse en 1887 et 1888. Depuis 2011 de nombreux spécimens de sa collection sont mis en ligne sur Wikipédia.