Les fouilles du muséum
Dès l’ouverture de l’établissement, sous la direction d’Édouard Filhol, une politique de fouilles est mise en place et plus particulièrement en préhistoire, grâce aux nombreuses grottes de la région ou aux sites mégalithiques qui vont attirer de nombreux scientifiques. Le muséum de Toulouse sera même le premier à ouvrir une galerie de Préhistoire. Parmi les nombreux sites fouillés, citons par exemple la grotte de L’Herm, l’une des plus prolifiques et dont la quantité phénoménale de matériel sorti a permis de nombreux échanges avec particuliers et institutions de par le monde durant de nombreuses années.
À l’heure actuelle, bien que les produits de fouilles ne représentent qu’un faible volume des acquisitions annuelles, l’établissement participe ponctuellement à des fouilles de sauvetage et à des chantiers programmés.
Des fouilles de sauvetage ont par exemple été organisées lors de travaux d’élargissement d’un virage de la RN112 près de Réalmont en 1997. Elles ont fourni un crâne de Lophiodon ainsi que des restes de crocodiles. Lors de la construction du métro toulousain en 2002 une faune oligo-miocène a été mise à jour avec notamment une carapace de tortue Ergilemys et des restes de rhinocéros.
Depuis 2015, le Muséum d’Histoire Naturelle de Toulouse organise avec le professeur David Begun de l’Université de Toronto des fouilles sur le gisement historique du Dryopithèque (Dryopithecus fontani qui est la première espèce de grand singe fossile décrite en 1856), côte de Valentine à Saint-Gaudens.
Plus récemment, en 2017, une fouille de sauvetage a eu lieu sur la commune de Montesquieu-Guittaut en Haute-Garonne en vue d’extraire un crâne fossile proche du Mastodon pyrenaicus, espèce énigmatique créée par Édouard Lartet en 1857 sur la base de quatre molaires découvertes à l’époque sur la commune voisine de Saint-Frajou. Avant l’extraction de ce crâne en septembre dernier, aucun autre reste évoquant les découvertes de Lartet n’avait alors été signalé depuis plus de cent soixante ans.
Un chantier de fouilles paléontologiques est programmé annuellement à Montréal-du-Gers. La faune trouvée comprend de nombreuses espèces qui vivaient dans la région il y a 17 millions d’années, avec notamment cinq espèces de rhinocéros.
Trente ans après sa découverte en 1987, le site paléontologique de Montréal-du-Gers, propriété de la ville de Toulouse depuis 1997, continue de livrer l’une des plus importante faune de vertébrés miocènes d’Europe.